2008 yılında Italyan Lisesi’nden daha sonra Mimar Sinan Güzel Sanatlar Üniversitesi Devlet Konservatuvarı Tiyatro Bölümü’nden mezun oldu. Eğitimi sırasında yer aldığı oyunların yanı sıra Semiha Berksoy Opera Vakfı’nda asistanlık görevini yürüttü.

Tiyatro D22’nin kurucu ortağıdır. D22 prodüksiyonu olan ‘Bent’, ‘Yirmi Beş’, ‘Karabatak’, ‘Kuş Öpücüğü’, D22/Fringe Ensemble ortak yapımı olan ‘Dünyaya Gözlerimden Bak’ ve halen devam eden ‘Hakikat Elbet Bir Gün’ oyunlarında oyuncu olarak yer aldı. ‘Kuş Öpücüğü’ oyununda aynı zamanda yönetmen olarak yer almıştır. Ayrıca Çubukcu, Can Yayınları’ndan çıkmış olan ‘Günün O Belirsiz Vaktinde’ isimli hikaye kitabının yazarıdır.

Emir Çubukcu bir çok dizi ve sinema projesinde yer almıştır.